多肽的纯度是通过利用HPLC测定目标肽中肽键的紫外吸收进行测定，水和残留的盐类并不能通过UV检测器进行测定。其主要杂质包括：残缺序列肽（比目的肽少一个或更多氨基酸残基的短肽）、截序列（因防止残缺序列肽的产生封端产生的多肽）、不完全的脱保护肽（合成或者最终切割过程中产生的多肽）。