多肽产品的稳定性不仅和多肽的序列有关，很大程度上也取决于生产工艺，不同的工艺得到的产品稳定性有很大差异，特别是含有Cys、Gln、Met、Asn、Trp等氨基酸的序列。

需要长期保存的多肽，应以冻干粉形式存放在含有干燥剂的密封容器内，置于-20°C保存，-80°C效果更好，可以最大限度地避免多肽降解。这种储存方式可以使多肽可保存数年，避免了被细菌降解和氧化，也可以避免二级结构的形成。如果序列中含有Cys、Met等易氧化氨基酸，建议充氮气后低温保存。